Мухи являются переносчиками некоторых видов опасных заболеваний, например сибирской язвы и сепсиса
Комнатные мухи являются переносчиком болезней, особенно кишечных инфекций, а также яиц глистов. Для защиты от них принимаются профилактические (хранение нечистот, служащих как пищей мухам и их личинкам, так и источником патогенных микроорганизмов, вне доступности мухам) и истребительные меры (применение инсектицидов в местах развития личинок, отравленные приманки и липкие ленты-ловушки в местах, где обильны взрослые насекомые) . С помощью сеток и иных приспособлений предотвращается попадание мух в жилые помещения.