Конфлікт у тому, що головний герой не схожий на інших птахів, через це у нього були проблеми. Мається на увазі конфлікт між сірою масою людей (Зграя) та особистістю (Джонатан).
Від людей - жага до самовдосконалення, бажання пізнати сенс буття і осмислити свій статус у світі
Від птахів - крила, фізичні можливості і т.д.