В настоящее время наиболее обоснованно предположение о том, что грибы произошли от бесцветных примитивных одноклеточных жгутиковых организмов, обитающих в воде, — флагеллят, точнее, от их древнейших предков, которые были, вероятно, одними из первых обитателей первичных водоемов нашей планеты и среди которых еще нельзя было выделить ни типично растительных, ни типично животных организмов.
Большинство биологов склоняются сейчас к тому, что грибы — это самостоятельное царство живых организмов, существующее наряду с животными и растениями. Эта гипотеза подтверждается и предполагаемым возрастом грибов по палеонтологическим данным. Ископаемые остатки грибов значительно беднее, чем остатки растений и животных. И все же известны отпечатки и окаменелости плодовых тел шляпочных грибов и трутовиков, отпечатки пораженных грибами листьев и других органов растений, грибницы в корнях растений (ископаемые микоризы) , ископаемые споры, которых встречается особенно много. Находки на территории нашей страны, в юго-восточной части Якутии, относящиеся к той же эре, но чуть более позднему периоду (около 850 млн. лет назад) , подтверждают существование уже достаточно сформированных грибных организмов.
На основании этих данных предполагается, что грибы появились у самых истоков жизни в древнейшей геологической эре — архейской — около миллиарда лет назад.