Обычно, за субстрат принимают то вещество, которое преобразуется в продукт, а за реагент - вещество, которое помогает субстрату в этом процессе.
Например, в реакции хлорирования алкена, за субстрат принимают алкен, а за реагент - галоген.
В реакции Кучерова: субстрат - алкин, реагент -вода. И т.д.
Думаю, суть понятна.