Эндогенными императивными факторами в водных экосистемах являются: свойства активного слоя воздуха над водной поверхностью (температура, скорость ветра); характеристика водной толщи (освещенность, прозрачность, температура, соленость, содержание О2 и СО2, биогенных элементов, растворенных и взвешенных веществ, кислотность, окислительно-восстановительный потенциал); свойства грунта (механический, химический состав, характер осадков); биотические свойства (плотность популяций, их возрастной и половой состав, морфологические, физиологические и поведенческие характеристики) и др.