Ответ:
3) She had finished work by 7.
4) She visited us two days ago.
5) She had made the story myself.
Объяснение:
3) Результат в настоящем, слово-спутник by, подлежащее само выполняет действие, следовательно, Present Perfect.
4) Констатация факта в прошлом, указано точное время выполнения, слово-спутник ago, следовательно, Past Simple.
5) Косвенная речь, следовательно, время должно сделать "шаг назад", поэтому Past Simple переходит в Past Perfect.