В честь Михайло-Архангельского монастыря. Первые русские поселения на мысе Пур-Наволок, на излучине болотистого правого берега Северной Двины, были основаны новгородцами ещё в XII веке. К тому же времени, по преданию, относится возникновение в этом месте Михайло-Архангельского монастыря, названного так по имени Архангела Михаила. Однако впервые монастырь упоминается в летописи только в 1419 году. Около обители располагались поморские селения Низовской волости — Лисостров, Княжостров, Уйма, Лявля и другие.
В 1584, который и считается годом основания города, воеводы спешно, «одним годом … поставили город круг Архангельского монастыря» [3]:острог с двойными рублеными стенами, башнями и воротами на север, запад и юг, окружённый рвом с тыном в нем и надолбами перед ним. Напротив крепости на двинском берегу выстроили корабельную пристань, укрепив берег бревенчатым обрубом. Помимо резиденции воеводы и Михайло-Архангельского монастыря, в крепости находились холмогорские и московские стрельцы. Под ее стены были переведены на пристань торговые фактории англичан и голландцев . В 1587 г. сюда же были принудительно переселены 130 семей «из Двинских посадов и волостей» , образовавших Новохолмогорский посад. 26 марта 1596 г. новый город на Двине впервые был назван Архангельским городом (по находившемуся в нем монастырю) , а с 1 августа 1613 г. это название было утверждено в связи с официальным установлением административной самостоятельности, независимости от Холмогор города Архангельска.