Заповедник располагается на Нижнеобской возвышенной равнине со слабо выраженными водоразделами, неглубокими речными долинами и общим уклоном к долине Оби.
Самая крупная река заповедника – Малая Сосьва. Река извилистая и, благодаря выраженному наклону местности, местами довольно быстрая.
В заповеднике много небольших озер – Копаное, Святой сор, Хане-Тув и другие.
Климат территории заповедника континентальный, что проявляется в яркой контрастности сезонов. Зима суровая и продолжительная с сильными ветрами и метелями. В конце весны и начале лета характерны возвраты холодов. Лето короткое, довольно теплое с возможными заморозками. Осень ранняя, с инеями в августе и первыми снегопадами в сентябре.