Название происходит от баскской провинции Бискайя. В Испании Бискайский залив называют Кантабрийским морем (Mar Cantábrico). Лишь восточная часть Кантабрийского моря, непосредственно примыкающая к Стране Басков, называется Бискайским заливом.
За 220 тыс. лет до н. э., во времена ледника Рисс, Бискайский залив был заморожен.
12 апреля 1970 года в Бискайском заливе потерпела аварию и затонула советская атомная подводная лодка К-8.