Архіпелаг складається з багатьох груп, які можуть бути розглянуті як окремі архіпелаги, а саме:
Зондські острови
Великі Зондські острови
Малі Зондські острови
Молуккські острови
Філіппінський архіпелаг
Нова Гвінея
Геологічно, архіпелаг є одним з найбільш вулканічно-активних районів світу. Найвища гора — Кінабалу (4095 м) на острові Калімантан та Пунчак-Джая (4884 м) на острові Нова Гвінея.
Рельєф переважно гористий. Район активного вулканізму, тут знаходиться близько 330 вулканів, з яких понад 100 діючих; часто бувають землетруси. Серед корисних копалин є родовища олов'яних, залізних та марганцевих руд, нікелю, вольфраму, бокситів та нафти.