Горизонтальне перенесення генів — потенціальна прихована змінна у виведенні філогенетичних дерев у філогенетиці, базуючись на послідовності одного гена. Наприклад, якщо уявити дві віддалені бактерії, які обмінялися одним геном, філогенетичне дерево засноване на цьому гені покаже, що ці організми близькі, тому що мають такий самий ген, хоча більшість решти генів істотно відрізняються. Тому, для встановлення філогенезу ідеально використовувати іншу інформацію, щоб зробити висновок щодо філогенезу, наприклад, присутність або відсутність генів, або, звичайніше, включати якомога більше генів до філогенетичного аналізу.
Наприклад, найзагальніший ген, який використовується для будівництва взаємин філогенезу у прокаріотів — ген 16S рРНК, тому що його послідовність чітко зберігається серед філогенетично пов'язаних видів, але зміни достатні, щоб відмінності могли бути зважені. Проте, останніми роками виникло переконання, що гени 16S рРНК в принципі можуть бути горизонтально перенесені. Хоча це зустрічається і не часто, переконливість дерев, заснованих на 16S рРНК, не остаточна.