Повість розповідає про незвичайну істоту, яка вчилася життя і мистецтва польоту. Твір складається з трьох частин. Перша частина зображує духовне пробудження Чайки Джонатана Лівінгстона, який прагне змінити своє життя та не вдовольняється подіями буденного життя. Джонатан цілком віддається вивченню польоту як мистецтву і способу буття, а не як способу переміщення в просторі для видобутку їжі. Після вигнання зі Зграї Лівінгстон веде життя відлюдника, повністю віддаючись вдосконаленню майстерності польоту. З відмовою від усього старого Джонатан закінчує своє земне існування.
Друга частина присвячена зображенню прекрасних Небес, які допомагають Джонатану зрозуміти головне: його можливості безмежні. У новому світі він знаходить своїх справжніх братів, справжню Зграю, знайомиться з мудрою чайкою-старійшиною - Чіангом, який стає наставником Джонатана і вчить його переміщатися зі швидкістю думки в просторі і часі. У процес пізнання залучається не тільки тіло, інтелект, але й дух, тому наблизитись до знань, за Р.Бахом, - це означає здобути цілісність, досконалість.
У третій частині твору Джонатан приймає рішення повернутися з пташиного Раю на Землю, щоб навчити бажаючих майстерності польоту і пробудити в них прагнення до досконалості. Незабаром він передає роль наставника першому учневі Флетчеру Лінду, а сам залишає земний світ заради подальшого шляху вдосконалення. Твір закінчується символічною сценою вічного польоту - пізнання-любові.
Образ Чайки Джонатана Лівінгстона, який намагається донести до нас Бах - це образ сильної і сміливої особистості, вільної і світлої істоти. Ім’я для своєї славетної Чайки письменник запозичив в реальної людини - відважного американського льотчика 30-х років XX ст. Джонатана Лінвінгстона, який не боявся високих польотів.
Незважаючи на невеликий обсяг твору, Р. Бах уміщає в нього величезний етап становлення особистості. Розвиток Джонатана можна відстежити з початку до кінця. Ось він зовсім ще неоперене пташеня, що вперто йде до поставленої мети. А ось він уже особистість, що досягла неймовірних висот розвитку і мудрості. Шлях героя - це шлях до свободи і безмежних можливостей людської особистості. Для висвітлення цієї ідеї письменник обрав саме образ чайки, тому що тільки в польоті можливо уявити абсолютну, безмежну свободу.
З молодості героя бентежить безглуздість і вузькість існування птахів, стурбованих лише щоденною боротьбою за їжу. Джонатан не хоче бути таким, як усі, намагається пізнати основу вічного життя, зрозуміти, що таке доброта і любов. Осягнення істини і досягнення досконалості герой здобуває наполегливою працею.
Композиція твору, яка складається з трьох частин, відображує три сходинки духовного вдосконалення Джонатана Лівінгстона:
I - усвідомлення істини, ідеї свободи;
II - досягнення досконалості;
ІІІ - прагнення поділитися знанням вищої істини з учнями, щоб вони також втілили ідею Великої Чайки - всеосяжну ідею свободи.