Основное загрязнение осуществляется тремя основными источниками: водами реки Селенга, гидрологической регулировкой уровней воды системами ГЭС на Ангаре и Байкальским целлюлозно-бумажным комбинатом (ЦБК). Среди дополнительных источников перечисляются вырубка деревьев, отсутствие канализационных очистных сооружений в населенных пунктах, запрещенные сбросы предприятий, водный транспорт, туризм.
Чтобы снизить уровень загрязнения озера, были проведены такие мероприятия на уровне государства: Принят закон «Об озере Байкал» (1999). Остановлена работа ЦБК. Снижено количество сбросов в реку Селенгу. Осуществляется контроль за работой парков и заповедников на озере. Ведется финансирование работ по мониторингу состояния воды, берегового рельефа и дна озера. А также обеспечение научной консультацией специалистов.