совершенно разные отделы
как минимум, голосеменные размножаются семенами, а папоротники-спорами
незащищенные семена голосеменных находятся в шишке, а споры папоротников образуются в спорангиях.
листья у голосеменных-ветки с хвоинками (искл. :гингковые с обычным листом), а у папоротников большие длинные вайи.