Крупные очаги восстания к середине апреля 1774 были разгромлены, но отдельные отряды активно действовали в Закамском крае, в Башкирии (Салават Юлаев), на заводах Юж. Урала (И. Белобородов), в Оренбургских степях (А. Овчинников). Пугачев деятельно готовил новое повстанческое войско, используя сохранившиеся очаги восстания в Башкирии и на заводском Урале. Собрав до 5 тыс. бойцов, Пугачев захватил Магнитную крепость (6 мая) и соединился здесь с отрядами Белобородова и Овчинникова. Продвигаясь вверх по Яику, он штурмом взял Троицкую крепость (19 мая), но 20 мая был разгромлен и снова ушёл в Уральские горы. Корпус Михельсона, преследуя Пугачева, нанёс ему ряд поражений, но Пугачев, умело используя тактику партизанской борьбы, каждый раз уходил от преследования и сберегал главные силы от окончательного разгрома, а потом снова собирал многотысячные отряды. Вытесненный к середине июня 1774 из районов заводского Урала, Пугачев решил вывести свои отряды к Казани, взять сё и предпринять давно задуманный поход на Москву. 12 июля повстанческие отряды штурмовали Казань, овладели предместьями и городом, но не смогли взять крепости, где засели остатки гарнизона.