Если бы новая теория начисто отрицала сложившиеся знания,наука вообще не смогла бы развиваться.
Где здесь подчинительная связь?Здесь же нет союзов
а вот и нет. ты просто не заметил его. оно первое. это союз-если(союз условия)...
поэтому у тебя придаточное условия
Если - это союз, подчинительный, поэтому и предложение сложноподчиненное.