Основная причина этому – ведение большую часть правления Петра I Северной войны. Война требовала вложения большого количества средств, что побуждало Петра I к усилению налогового гнёта (в том числе и на монастыри). Религиозные учреждения с их огромными земельными владениями и богатыми убранствами стали ценным источником средств. Широко известен факт изъятия не только земель, но и, например, колоколов, материал которых был отлит в пушки. Некоторые злые языки называли Петра I «антихристом» за эту кампанию.
Другая причина – стремление Петра I к созданию «регулярного государства», в котором каждый слой населения работает на благо государства всеми возможными методами. Так как для выполнения основных задач церкви в государстве огромные земельные и прочие владения были необязательны, они были отняты в пользу выполнения более насущных для государства задач.
Наконец, ещё одной причиной может быть названо стремление Петра I отделить церковь от светской власти, сократить её влияние. Власть церковная порой угрожала статусу правителя (в правление отца Петра I, Алексея Михайловича, небезызвестный патриарх Никон на пике своей власти заявил «священство выше царства», поставив фигуру главы церкви выше главы государства). Более того, духовенство весьма негативно воспринимало радикальные модернизационные преобразования Петра I, и царь (а затем и император) не желал дополнительных помех для их проведения.