Потом провёл Колю в большую комнату, которая была сплошь заставлена книжными стеллажами . (придаточное -которая и т.д. - зависит от слова комнату - комнату (какую?) - которую и т.д.)
Стояли здесь и стеклянные шкафы, в которых на полках громоздились пёстрые камни, бесформенные образцы руд. (придаточное - в которых и т.д. - зависит от слова шкафы - шкафы (какие?) - в которых на полках громоздились и т.д.