В ходе попыток католической церковью отвоевать утраченное влияние вследствие Реформации, происходило нарастание религиозного напряжения в европейских странах. Помимо усиления инквизиции и ордена иезуитов, ужесточалась цензура, а Ватикан призывал правителей искоренять протестантские настроения на своей территории. В преддверии крупномасштабного конфликта во многих европейских городах происходили религиозные бунты и восстания. Однако среди причин тридцатилетней войны можно выделить и многие другие предпосылки, не имеющие ничего общего с религией:
Попытка Габсбургов не только сохранить, но и приумножить своё влияние в германской империи, Испании, а также во всей Европе.
Стремление Франции защитить свои национальные интересы, а также желание стать доминирующей силой среди европейских стран, убрав с лидирующих позиций Испанию и Австрию.
Противоречивая политика Англии и её сотрудничество со странами-соперниками гегемона (так называемая антигабсбургская коалиция). Характеристика английских войск историками в этом конфликте довольно противоречива — с одной стороны англичане старались не участвовать в битвах прямым образом, однако с другой стороны они за всю 30-летнюю войну финансово поддерживали около 6 различных стран.
Обострение соперничества между Францией и Англии за господство в море.
Намерение Дании и Швеции изолировать другие страны от морских торговых путей Балтики.
Намеренное разжигание религиозных конфликтов мелкими европейскими монархами с целью вовлечь в войну крупные силы и попытаться во всеобщей суматохе выжать для себя максимум благ. Сюда же можно отнести попытки небольших стран обзавестись влиятельными союзниками (к примеру, чтобы иметь возможность в удобный момент напасть на соседа).
Косвенное влияние России, Османской Империи и Польши, которые не принимали прямого участия в конфликте. Страны тем или иным образом старались поддержать выгодные им силы.