В густонаселенной Германии, где коренные леса были либо сведены, либо заменены лесопосадками, естественная растительность почти не сохранилась. Исходные осветленные леса из дуба и березы на севере страны в течение столетий были замещены ареалами возделываемых земель в окружении обширных верещатников, используемых под пастбища. В настоящее время верещатники представлены только в заповедниках. Более бедные земли отводятся под лесопосадки, особой популярностью пользуется выращивание более выносливых подвидов сосен.Низкогорья Средней Германии покрыты роскошными буковыми лесами, чередующимися с крупными массивами посадок еловых лесов. На песчаниках появляется сосна.В более высоких горах Средней Германии и в Альпах буковые леса с высотой сменяются буково-пихтовыми, а затем еловыми. В самых высоких массивах, а также в Альпах выше 2200–2800 м растут травы, лишайники и мхи. Поражает обилие цветковых растений.Среди самых характерных животных в лесах Германии выделяются белка, кабан и лисица. Обычны благородный олень, косуля и лань. На вырубках прижились зайцы, кролики и мышевидные грызуны, вместо лесных видов птиц там распространяются виды, типичные для открытых пространств и живых изгородей. На альпийских лугах обитает сурок. Загрязнение рек угрожает существованию выдры. Влажные районы по берегам Балтийского и Северного морей имеют важное значение для перелетных птиц Европы, особенно уток, гусей и болотных птиц. На крышах домов в этом районе иногда можно увидеть гнезда аистов.
Самая большая река Германии – Рейн, питающийся от огромного веера притоков в предгорьях Альп. Между Бингеном и Бонном эта река прорезает глубокое ущелье в Рейнских Сланцевых горах, далее выходит на Северо-Германскую низменность и впадает в Северное море.