Через Дерпт Штаден попал в Москву, где смог быстро произвести впечатление на царедворцев. Сначала он был принят толмачом в Посольский приказ, затем ему был жалован двор на «земщине» с правом курить вино, варить пиво и ставить мёд. Вскоре его владения были выделены в опричнину, а сам Штаден, нашедший себе влиятельных друзей и покровителей, был поставлен во главе небольшого отряда-дружины. Вместе с другими опричниками он участвовал в походе на Новгород зимой 1569—1570 гг. и вернулся с огромной добычей, совершив немало набегов на сёла и монастыри. Штадену было жаловано имя Андрея Володимировича (его отца звали Вальтер), он поставил себе в столице новые палаты и увеличил владения под Москвой. После нападения хана Крыма Девлета I Гирея на Москву (1572), при пересмотре поместных и вотчинных дач, Штаден лишился своих имений. Он покинул столицу, завел мельницу в Рыбной слободе, а затем вскоре уехал в Поморье (1574—1575); здесь он жил в севернорусских городах, занимаясь выгодной меховой торговлей и, несомненно, побывал в Вологде, Белоозере, Каргополе и Коле. В 1576 году с иностранным кораблем Штаден покинул Россию и приехал в Голландию. Всего он прожил в Московском государстве около 12 лет (с 1564 по 1576 год), из них около 6 лет провёл в опричнине