В своем верховье река Индигирка протекает по достаточно узкому ущелью, из-за которого скорость течения воды достаточно высока, но выходя к устью, Индигирка протекает по плоской равнине, где русло расширяется и скорость воды значительно уменьшается.
Основным источником питания реки являются талые воды.