В настоящее время наиболее обоснованно предположение о том, что грибы произошли отбесцветных примитивных одноклеточных жгутиковых организмов, обитающих в воде, —флагеллят, точнее, от их древнейших предков, которые были, вероятно, одними из первых обитателей первичных водоемов нашей планеты и среди которых еще нельзя было выделить ни типично растительных, ни типично животных организмов.