Необходимость в недешёвых энергоносителях, затрачиваемых на привод двигателей судов.
Плюс риск аварии с разливом нефтепродуктов в воду, дальше уже пошли экологические проблемы.
Трубопроводный транспорт не такой уже и идеальный, он тоже имеет свои недостатки: он может где-то повредиться и тоже произойдет выброс нефтепродуктов. Хотя это лучший вариант.