В верхнем течении принимает крупные притоки — Бахр-эль-Газаль (левый) и Ачва, Собат, Голубой Нил и Атбара (правые) .
У Нила несколько истоков. Самый главный из них – река Кагера – берет начало в Бурунди и впадает в озеро Виктория. Собственно Нил начинается здесь, близ Джинджи в Уганде, и впадает в озеро Кьога, откуда под названием Виктория-Нил течет дальше через заросли болотной растительности, а затем низвергается водопадом Кабарега. После этого Нил проходит через северную оконечность озера Мобуту-Сесе-Секо (Альберт) , которое питает вытекающая из озера Эдуард река Семлики, и уже под именем Альберт-Нил продолжает путь к Нимуле. Здесь река пересекает границу Судана, жители которого называют ее Бахр-эль-Джебель. Затем реке приходится преодолевать Сэдд – обширный район длиной 400 и шириной 320 км, где в ее русле образуется запруда из плавучих растений: папируса, водяного гиацинта и водяных трав. Далее река называется Белый Нил. У Хартума в нее впадает стремительный Голубой Нил, берущий начало в озере Тана на Эфиопском нагорье, и серо-голубая вода притока смешивается с более бледной водой Белого Нила.
Примерно в 320 км к северу Нил принимает на территории Судана еще один приток – Атбару, исток которой также находится в Эфиопии. Теперь овеянный легендами Нил, площадь бассейна которого составляет почти десятую часть Африканского континента, течет в Египет и дальше к морю. Но сначала он проходит через печально известные пороги – они настолько опасны, что до самого озера Насер, водохранилища, образовавшегося после строительства высотной Асуанской плотины, судоходство по реке невозможно. Но как только Нил достигает Египта, он становится главным источником пропитания и транспортной артерией для тех, кто живет на его берегах. В Древнем Египте разливы Нила в конце лета – начале осени регулярно покрывали прибрежные земли водой, оставляя после себя слой ила, который так хорошо удобрял почву, что земля давала обильные урожаи и люди не знали нужды. Древние египтяне, возможно, первыми стали систематически использовать на своих полях искусственное орошение. Они строили насыпи на заливаемых паводком землях, разделяя их тем самым на участки, где вода стояла по нескольку недель. Когда река возвращалась в берега, воду из таких прудов спускали постепенно, так чтобы весь плодородный ил оставался на полях. Сегодня сток реки регулируется плотинами и ирригационными сооружениями, прежде всего Асуанской плотиной, длина которой по гребню составляет 4 км, толщина у основания – 980 м, а высота -110м. Теперь орошение полей возможно круглый год, но без ежегодных паводков, и большая часть плодородного ила, удобрявшего в былые времена долину Нила, скапливается на дне озера Насер.