Почему в фонетическом разборе слова два раза пишут парная или непарная?

Потому, что согласные бывают звонкие- глухие парные Б-П и т.д.
и могут быть твердые - мягкие парные и непарные
всегда твердые Ж и Ш-они непарные
Всегда мягкие Й, Ч, Щ и всегда твердая Ц они непарные
Удачи!