Родился в 1898 г. в деревне Высоково (ныне не существует) Краснохолмского района Калининской области в семье крестьянина. Русский. Член КПСС. С середины 30-х годов жил в городе Новомосковск Тульской области. Работал на комбинате. В 1942 г. призван в ряды Красной Армии. С июня 1942 г. на фронтах Великой Отечественной войны. Погиб в бою 12 июля 1943 г. Пулеметчику 40-го гвардейского стрелкового полка (11-я гвардейская стрелковая дивизия, 11-я гвардейская армия, Западный фронт) гвардии рядовому Кукунину С. А. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 4 июня 1944 г. присвоено звание Героя Советского Союза посмертно. Награжден орденами Ленина, Отечественной войны 1-й степени. Похоронен в братской могиле в селе Ефимцево Ульяновского района Калужской области. Навечно зачислен в списки стрелкового полка. Мемориальная доска установлена на доме № 2 по улице его имени в Новомосковске. Школа № 5 города и бригада комбината носят имя Героя. Его имя на памятнике тулякам — Героям Советского Союза.