В 1555 году сибирский хан Едигер признал вассальную зависимость от Царства Русского и пообещал платить Москве дань - ясак ( правда , в обещанном объёме дань ни разу уплачена не была ) . В 1563 году власть в Сибирском ханстве захватил шибанид Кучум , который был внуком Ибака . Он казнил хана Едигера и его брата Бек - Булата .Новый сибирский хан прилагал немалые усилия для укрепления роли ислама в Сибири . Хан Кучум перестал платить дань Москве , однако в 1571 г . прислал полный ясак в 1000 соболей . В 1572 г . , После того как крымский хан Девлет I Герай разорил Москву , сибирский хан Кучум полностью порвал даннические отношения с Москвой . В 1573 г . Кучум отправил своего племянника Махмут Кули с дружиной с разведывательными целями за пределы ханства . Махмут Кули дошел до Перми , потревожив владения уральских купцов Строгановых . В 1579 г . Строгановы пригласили дружину казаков ( больше 500 человек ) , под начальством атаманов Ермака Тимофеевича , Ивана Кольцо , Якова Михайлова , Никиты Пана и Матвея Мещеряка для защиты от регулярных нападений со стороны Кучума .
1 сентября 1581 дружина казаков , под главным начальством Ермака , выступила в поход за Каменный Пояс ( Урал ) , положив начало колонизации Сибири русским государством . Инициатива этого похода , по летописям Есиповской и Ремизовской , принадлежала самому Ермаку , участие Строгановых ограничилось вынужденным снабжением казаков припасами и оружием .В 1582 году , 26 октября Ермак овладел Кашлыком и начал присоединение Сибирского ханства к России . Потерпев поражение от казаков , Кучум откочевал на юг и продолжал оказывать сопротивление русским завоевателям до 1598 года . 20 апреля 1598 г . он был разбит тарским воеводой Андреем Воейковым на берегу реки Обь и бежал в Ногайскую Орду , где был убит . Ермак был убит в 1584 году . Последним ханом был Али , сыном Кучума .На рубеже XVI и XVII веков на территории Сибирского ханства поселенцами из России были основаны города Тюмень , Тобольск , Берёзов , Сургут , Тара , Обдорск ( Салехард ) . В 1601 г . на реке Таз , впадающей в Обскую губу , был основан город Мангазея . Тем самым открылся морской путь в Западную Сибирь ( Мангазейский Морской Ход ) . С основанием острога Нарым была покорена Пегая Орда на востоке от Сибирского ханства .
В царствование Михаила Фёдоровича , первого царя из династии Романовых , казаки и поселенцы осваивают Восточную Сибирь . В течение первых 18 лет XVII века совершается переход русских на реку Енисей . Основываются города Томск ( 1604 ), Кузнецк ( 1618 ), Красноярск ( 1628 ) и др .В 1623 году землепроходец Пянда проникает на реку Лену , где позднее ( 1630 - е ) основываются Якутск и другие городки . В 1637-1640 годах был открыт путь от Якутска к Охотскому морю вверх по Алдану , Мае и Юдоме . При движении по Енисею и Ледовитому океану промышленники проникли в устья рек Яны , Индигирки , Колымы и Анадыря . Закрепление Ленского ( Якутского ) края за русскими было закреплено постройкой Олекминского острога ( 1635 г . ) , Нижне - Колымска (1644 г . ) И Охотска (1648 г . ) . В 1661 году был основан Иркутский острог , в 1665 году Селенгинский острог , в 1666 году Удинский острог .В 1649-1650 годах казачий атаман Ерофей Хабаров достиг Амура . К середине XVII века русские поселения появляются в Приамурье , на побережье Охотского моря , на Чукотке .В 1645 году казак Василий Поярков открывает северное побережье Сахалина .В 1648 году Семен Дежнёв проходит из устья реки Колыма в устье реки Анадырь и открывает пролив между Азией и Америкой .В 1686 году в Нерчинске проведена первая плавка серебра из Аргунских или Нерчинских серебряных руд . Впоследствии здесь возникает Нерчинский горный округ .В 1689 году заключается Нерчинский договор , начинается приграничная торговля с Китаем .