Ель и ёлка от дерева написанием и произношением отличается тем, что в слове дерево нет йотированных гласных (появляется второй звук и при фонетическом разборе- гласная становится "двойной" в начале слова и после согласной).
И. П.- елка,ель,дерево
Д.П. - елке,ели, дереву
В.П. - елку,ель,дерево (т.к. это неодушевленные)
Т.П. - елкой,елью,деревом.