1)Можно рассматривать не организм, а симбиоз. Или вовсе био-геоценоз.
Можно рассматривать на уровне органов, клеток.
Но на уровне организма проще. Функции, значимые для решения проблем биосферы, локализуются как правило на уровне организма. Или во всяком случае проще формализуются.
2)Популяция - единица эволюции. Популяция накапливает в себе различные мутации, как вредные, так и полезные, а затем это всё наследуется организмами, передеётся им по наследству . И проявляется на организменном уровне.