Потому что:
1. большинство элементов, существующих в природе, представляют смесь нескольких изотопов, и в Периодической системе указывается среднее значение относительной атомной массы смеси природного изотопного состава.
2. для моноизотопных элементов (например, 23Na) это значение будет также дробным, т.к. масса нуклонов, выраженная в а.е.м., не является целым числом и при образовании ядра часть массы нуклонов переходит в энергию