Главная река Подольского района - Пахра. Пахра впадает в Москву-реку возле знаменитого села Мячково. На всем протяжении своего пути она вбирает в себя воды 230 речушек и ручьев.Самые крупные из них это Моча, Десна, Рожая (Рожайка), Жданка, Конопелька, Ладенка. Моча - правый приток Пахры. В Мочу впадают слева Поляница и Лубянка, справа - Вороновка (с притоком Бобровка). Десна - левый приток Пахры, берет свое начало из слияния двух рек Бутыни и Пахорки . Рожая или Рожайка - правый приток Пахры, зарождается река из двух ручьев - Тюнюковского и Безымянного. Справа в Рожаю впадают речки Каменка, и Рогожа (Рогожка).