Внутренняя политика Бориса Годунова сводилась к укреплению государственности. В 1589 году было введено патриаршество. Первым патриархом был избран митрополит Иов. Внутренняя политика Годунова была весьма продумана и продуктивна. При Борисе Годунове в Москве построили первый водопровод. Водопровод качал воду из Москвы – реки на конюшенный двор. С размахом осуществляется городское строительство, строятся церкви, храмы, появляться новые крепости на окраинах Руси. Был восстановлен город Елец, построен Белгород, а так же заложен Томск. Борис Годунов на время восстанавливает «Юрьев День» . На 1601 – 1603 годы выдается неурожай, начинается голод, который вызывает народное недовольство царем. Борис Годунов предпринимает меры по недопущению народного недовольства. Но все его старания оказались тщетны. В 1603 году в окраинах Москвы, вспыхивает восстание Хлопка.