Климат северной части острова - субэкваториальный, южной - влажный тропический. На северо-западном побережье Мадагаскара наиболее жарко. Здесь в летнее время (в период с декабря по февраль) дневные температуры воздуха могут достигать 35 градусов тепла, ночные - 25 градусов тепла. Зимой (в период с июня по июль) на северо-западе днём отмечается около +32 градусов, ночью - около +23 градусов. С продвижением на юг, дальше от экватора, температура воздуха понижается. Так на юго-востоке страны в летнее время дневные температуры поднимаются до 30 градусов тепла, а ночные составляют около +22 градусов. Зимой в дневные часы здесь отмечается около 24 градусов тепла, в ночные - около +16 градусов.
В районе центрального плато на высотах от 1000 до 1600 м температура воздуха летом в дневное время поднимается до +26 градусов, ночью падает до +16 градусов, зимой в дневные часы отмечается около 20 градусов тепла, ночью - около 10 градусов тепла. В более возвышенных областях плато зимой нередко случаются заморозки.
На Мадагаскаре за год выпадает от 400 до 3600 мм осадков. Наибольшее их количество отмечается на восточном побережье острова, куда в течение всего года приходят влажные воздушные массы с Индийского океана, а наименьшее - на юго-западе страны. Максимум осадков выпадает в летнее время в период с декабря по февраль, в это же время на восток острова нередко приходят мощные циклоны со штормовой погодой. Летом на востоке острова может выпадать до 500 мм осадков в месяц, на западе - до 100 мм.