С пахотными землями площадью более 440 000 км² бассейн реки Миссури включает почти четверть всех сельскохозяйственных угодий страны, обеспечивая более трети всего урожая пшеницы, овса, ячменя и льна в США. В то же время орошаемые земли составляют всего 28 000 км² от всех сельскохозяйственных угодий бассейна. Ещё 730 000 км² составляют пастбища, главным образом для крупного рогатого скота. Леса занимают около 113 000 км² территории. Площадь населённых пунктов составляет менее 34 000 км², большая их часть находится вдоль самой Миссури и нескольких наиболее крупных притоков, таких как Платт и Йеллоустон