Внутренняя политика С португальскими сепаратистами он обходился чрезвычайно круто и, несмотря на все настояния местных кортесов, явно стремился к полной государственной ассимиляции всего Пиренейского полуострова. С этой же целью он казнил представителей нескольких знатнейших арагонских семейств, когда в Арагоне вспыхнули волнения по поводу бежавшего туда из Кастилии опального вельможи Антонио Переса. Арагон пользовался старинными привилегиями, благодаря которым Филипп не мог вытребовать Переса к себе обратно. «Хустисия» — главный судья, хранитель арагонских вольностей — был казнён, в Арагон введены войска; последовали репрессии против тех, кто оказался виновен в защите Переса; арагонские инквизиторы действовали в интересах короля (сам Перес успел спастись). С тех пор сан хустисии потерял прежнюю прерогативу несменяемости и попал в полную зависимость от короля; арагонским вольностям был нанесён смертельный удар. За кастильскими старыми учреждениями Филипп не оставлял и тени влияния. Кортесы иногда созывались, но на все их заявления король обыкновенно не обращал ни малейшего внимания.
Так, кортесы жаловались на непомерную алчность церкви в приобретении земельных имуществ — но Филипп не внял им; жаловались, что с населения собираются налоги, о которых они, кортесы, ничего не знают, — король продолжал такие налоги собирать. Во внутренней истории Испании правление Филиппа было временем самого полного деспотизма.