Протяженность внутренних водных судоходных путей России составляет в настоящее время более 100 тыс. км. Эксплуатируется 36,2 тыс. самоходных и несамоходных судов, принадлежащих различным акционерным обществам, судоходным компаниям, частным владельцам, государственным предприятиям и организациям.
Объем сточных вод в 1998 году, несмотря на уменьшение транспортной работы, снизился незначительно и составил 7,7 млн м3.
Экологическая обстановка в морских и речных акваториях во многом зависит от выбросов токсичных компонентов судовых главных силовых установок и вспомогательных дизель-генераторов. Один из главных токсичных компонентов отработавших газов дизелей — оксиды азота. Судовыми дизелями выбрасывается в атмосферу около 7 % мирового выброса этих веществ.
При перевозках происходит загрязнение моря нефтью и перевозимыми грузами, а также сточными водами, мусором. Объем сброса сточных вод с морских судов и производственных корпусов портов в городской коллектор составил в 1998 году 2,7 млн м3,то есть произошло уменьшение сброса сточных вод по сравнению с предшествующими годами, что связано со снижением судозаходов в порты.
Загрязнение водоемов нефтью и нефтепродуктами получается в условиях обычного хода производственных процессов по транспортировке нефти, ее переработке в портах, при выполнении ремонтов судов и механизмов из-за недостаточной герметичности емкостей и нарушений технологии работ, но в гораздо большей степени - в результате аварий танкеров, перевозящих нефтяные грузы.
Нефть и нефтепродукты представляют собой наиболее опасные загрязнители водного бассейна, которые затрудняют все виды водопользования. Ежегодно в моря и океаны попадает примерно 6 млн т нефти, которая в виде нефтяной пленки плавает на поверхности воды, растворяется в ее толще и оседает на дно.