Самый закадычный друг у Тома был Геккельберри Финн. Еще у него был школьный приятель Джо Гарпер. Том дружил и даже был влюблен в девочку Бекки (Ребекку) Тэтчер. Врагов как таковых у него не было. Он недолюбливал своего сводного брата Сида. Мог не слушаться тетю Полли и сестру Мэри. Ненавидеть Тома Сойера мог индеец Джо, потому что Том раскрыл тайну его преступления (убийство доктора Робинсона) . Из взрослых Том дружил с негром Джимом и Мэфом Поттером, которого он спас от казни благодаря своему признанию (см. выше).