Обиженная Никоном высшая церковная иерархия должна была все же понимать, что патриарх ревностно защищал интересы церкви. Алексей Михайлович решил заручиться поддержкой зарубежного духовенства, на собор были приглашены александрийский патриарх Паисий и антиохийский патриарх Макарий, которые безоговорочно поддержали московского царя.Русское духовенство не возражало против низложения Никона, по вопросу же о взаимоотношении светской и церковной власти оно встало в робкую оппозицию. Против восточных патриархов («греческих бродяг», как называл их подсудимый Никон), всячески восхвалявших царя и достоинства светской власти, русские иерархи выдвинули следующий аргумент: если бы все государи были такие добрые, как царь Алексей Михайлович, русская церковь не возражала бы против подчинения им, но ведь со временем могут прийти менее добрые цари. «Греческие бродяги» в ответ заявили, что у такого доброго государя, как Алексей Михайлович, не может быть дурных наследников, и поэтому концепция первенства светской власти над духовной не может нанести вреда русской православной церкви. После долгих диспутов стороны согласились на компромиссной точке зрения «двух светильников». Согласно этой теории, как в природе есть два светила, из которых одно светит днем, а другое ночью, так и в государстве есть две власти—светская и духовная. Каждая ведает своими делами и не вмешивается в область деятельности другой. Вопрос о том, какой светильник главный, какой подчиненный, был обойден. Распростившись с честолюбивыми мечтами о первенстве в руководстве общественной жизнью, русское духовенство вырвало у царя некоторые уступки. Вскоре после собора был ликвидирован ненавистный духовенству Монастырский приказ.