Сердце у крокодила не трехкамерное, как у всех остальных пресмыкающихся, а четырехкамерное. Не только предсердие, но и желудочек разделены продольной перегородкой на правую и левую части. Чистая артериальная кровь, поступающая из легочных сосудов в левую часть сердца, не смешивается здесь с венозной кровью, проходящей через правое предсердие и правый желудочек. Следовательно, в этом отношении крокодилы отличаются и от земноводных, и от остальных пресмыкающихся и приближаются к высшим позвоночным – птицам и млекопитающим, у которых сердце также четырехкамерное.