У слова жучка есть несколько значений.
Необязательно это значение клички собаки, которое пишется с заглавной буквы.
Значение слова "жучка", которое употреблено в романе "Евгений Онегин" - это просто маленькая собачка, дворняжка.
Т.е. это не имя собственное, не кличка собаки, а только обозначение беспородной крестьянской собаки небольшого размера, поэтому Пушкин и пишет это слово с маленькой буквы.