Всякая материя имеет массу(а всякое поле -материя обладающая массой,электрическое,гравитационное и т.п.) . Когда нуклоны соединены между собой, поле сильного взаимодействия не даёт им оттолкнуться друг от друга. Деффект масс- и есть масса этого поля, ну или просто энергия,требующаяся на расщепление этих нуклонов друг от друга.
Так что нет,не противоречит , часть массы уходит в поле сильного взаимодействия.