Главный вред - затопление огромных территорий, причем самых плодородных (поймы рек) . Далее, подъем грунтовых вод и как следствие заболачивание, плотины мешают нересту рыб, кроме того рыбы гибнут попадая в турбины. Большая площадь водохранилища, с него большое испарение, становится больше дождей, больше дней с туманами.
Этих недостатков частично лишены ГЭС в горных ущельях.