Из года в год качество воды в водоемах и реках падает все ниже. По данным Нижне-Обского бассейнового водного управления результаты государственного мониторинга водных объектов свидетельствуют о том, что с трансграничным переносом на территорию бассейна Нижней Оби поступают тяжелые металлы с Урала, пестициды и биогенная группа загрязнителей с Казахстана. Из Казахстана воды рек Иртыш и Ишим в Тюменскую область поступает пятого класса качества, то есть — «грязная» , из Томской области -также с качеством «грязная» , из Свердловской области - «очень грязная» . В целом, в соответствии с Государственным докладом, вода в нижнем течении Оби оценивается как «грязная».