По строению долины и русла, характеру течения Енисей делится на 3 основные части: верхний Енисей – от слияния Большого и Малого Енисея в Тувинской котловине до выхода из пределов Западного Саяна в Минусинскую котловину, длиной 474 км
средний Енисей – до слияния с рекой Ангарой, длиной 876 км
нижний Енисей – от реки Ангары до устья, длиной 2137 км. На протяжении первых 188 км (после слияния Большого и Малого Енисея) река течёт под названием Верхний Енисей в пределах северного борта Тувинской котловины, здесь она разбивается на рукава. В русле множество перекатов, ширина колеблется от 100 до 650 м; глубины на плёсах 4-12 м, на перекатах не более 1 м. После впадения слева реки Хемчик, Енисей поворачивает к северу и на протяжении 290 км прорывается через систему хребтов Западного Саяна. В этом месте Енисей течёт в узкой долине. В русле достаточно много порогов (Большой, Дедушкин, Джойский и другие). У реки Казырсук расположен наиболее опасный Большой порог (длина 320 м), скорость течения здесь составляет 6-8 м/с. После Большого порога находятся озеровидные плёсы, глубина реки в которых превышает 20 м.