Это связано с тем, как приспосабливаются рыбы к среде обитания. То есть, логично, что чем глубже обитает рыба в толще воды, тем менее важную роль играет для нее зрение, на огромных глубинах очень темно. У глубоководных рыб глаза постепенно вообще атрофируются, очень многие из них вовсе слепы.
Именно это является главной причиной. Кроме того, глубоководные рыбы светятся, многие имеют индивидуальное строение(сложные телескопические глаза, четыре глаза, глаза на стебельках.). Опять же, все эти изменения связаны с условиями их проживания.