В случае образования хим.связи нейтральные атомы принимают или отдают электроны, становясь ионами.
Если после обмена атом отдал электроны, и у него стало больше протонов, чем электронов - он стал положительно заряжен (катион).
Если после обмена атом принял электроны, и у него стало больше электронов, чем протонов - он стал отрицательно заряжен - анион.
В целом, молекула стремится к электронейтральности, что обуславливает нижние в записи химических формул.