Я думаю что их отличие состоит в том что папоротники - имеют короткий и жесткий стебель, листья вайи, корни представлены корневищем и придаточными корнями,вегетативное размножение происходит за счет почек и корневища.
а плаун -- прямостоячий или стелющийся стебель,мелкие различной формы листья, корни - придаточные корни отходящие от стелющегося побега, и вегетативное размножение побегами. А в остальном они одинаковые.