В советское время научные работы Гайдара были посвящены совершенствованию механизмов хозрасчета, позднее — функционированию и реформированию плановой экономики в целом. Как указывал экономист Сергей Васильев, наиболее значительным достижением научного направления, к которому принадлежал Гайдар в советское время, являлась теория административного рынка. Согласно этой теории в плановой экономике предприятия не жёстко подчиняются спускаемым сверху планам, а включены в систему иерархических торгов. Основным объектом этих торгов являются реальные требования к производителям, часто существенно отличающиеся от утверждённого плана, а также выделяемые предприятиям ресурсы.В 1989 году написана обобщающая работа советского периода — «Экономические реформы и иерархические структуры» (издана в 1990 г.), в которой систематически изложены основные положения теории административного рынка. Гайдар описывал функционирование плановой экономики и попытки её реформ в социалистических странах c точки зрения иерархических торгов. Рассматривались трудности, с которыми сталкивается экономика с широким применением хозрасчета и большим влиянием трудовых коллективов (на примере Югославии и Венгрии), а также проблемы структурной перестройки экономики, избавления от нерентабельных производств. Основным препятствием на пути введения рыночных механизмов в книге называлось усиление инфляции. Успех реформ в СССР, по мнению Гайдара, зависел от успешности проведения антиинфляционной политики: эффективного контроля расходов бюджета, объёма кредитования и денежной массы. О необходимости твёрдой антиинфляционной политики Гайдар также писал в своих статьях 1990-го и 1991-го года в журнале «Коммунист».Наталья Шматко, анализируя публикации Гайдара советского времени, пишет, что его работы «не выходили за границы марксистской ортодоксии». В книге «Экономические реформы и иерархические структуры», по словам Шматко, теоретические положения Гайдара говорят о его приверженности социализму и критике капитализма, с использованием чисто идеологической лексики, например: «Высшей формой разрешения противоречий капиталистического общества является низвергающая его революция». (на самом деле в книге Гайдара сказано: «Крайней формой разрешения противоречий капиталистического общества является низвергающая его революция»). Затем, однако, лексика Гайдара резко изменилась после его ухода из газеты «Правда». Согласно статье Шматко, первоначально компетенция Гайдара была ограничена знакомством с классическими теориями и несколько более глубоким знанием экономистов Венгрии и Чехословакии. Затем, под влиянием работ Чубайса и мнения экспертов МВФ, позиция Гайдара радикализовалась, и за образец была взята чилийская модель и методы правления генерала . Согласно мнению самого Чубайса, у Гайдара не было в советское время системных работ по рыночным реформам «просто потому, что издать это было нельзя».С 1991 года выходили регулярные экономические обзоры Института экономики переходного периода под редакцией Гайдара и статьи, посвященные экономическим реформам в России. Ключевой темой этого периода является создание необходимых условий для возобновления экономического роста. Работы Гайдара также посвящены инвестиционной политике, снижению инфляции, государственной нагрузке на экономику, исследованию макро- и микроэкономических п