Отрицательное значение папоротников в природе представлено пунктом о принадлежности некоторых видов папоротника к сорнякам, например папоротник сальвиния, который быстро размножается вегетативным способом и может стать настоящей угрозой жизни водоемов, в частности их растительному и животному миру.